Die SARS-CoV-2-virus genaamd COVID-19 het die wêreld sedert Desember 2019 verlam, en dit was die wetenskaplike gemeenskap wat gereageer het met behandelingsplanne en versnelde entstofontwikkeling om hierdie infeksie te behandel en te voorkom. Ongelukkig het dit vir sommige duidelik geword dat SARS-CoV-2-infeksie ook langtermyn-effekte kan hê. Hierdie voortslepende effek is eers na-akute gevolge van COVID-19 (PASC) genoem, maar word nou algemeen na verwys as 'lang COVID'.
Prof Etheresia Pretorius (Stellenbosch Universiteit) was een van die eerste wetenskaplikes wat hierdie verskynsel ondersoek het, en sy het die SAF Proteomika-eenheid gekontak om te help.
Een kenmerk van plasma wat van lang COVID-pasiënte verkry word, is die vorming van mikroklonte. Hierdie kenmerk is egter nie uniek aan lang COVID nie, maar word ook by diabeteslyers waargeneem, hoewel die kliniese prentjie hemelsbreed verskil. Tot op hierdie stadium het proteomiese ontledings óf verhelderde plasma óf volledig gedenatureerde en oplosbare plasmaproteïene gebruik en kon nie onderskei tussen proteïene wat in klonte geassosieer word en oplosbare proteïene nie. Ons het 'n strategie afgelei met behulp van 'n twee-stap vertering om die klonte te isoleer. Die eerste, onder nie-denaturerende toestande, het die oplosbare proteïene, wat na sentrifugering verwyder is, gefragmenteer, en die tweede het nie-denaturerende toestande gebruik om die proteïenaggregate op te breek voor tripsienvertering. Na hierdie stap het dit duidelik geword waarom die diabetes- en lang kliniese profiele van COVID so verskillend was. Die klonte van diabetespasiënte is skoongemaak na die eerste vertering, terwyl lang COVID-pasiënte klonte gehad het wat bestand was teen die eerste tripsiniseringstap.
Die verteerde materiaal is onderwerp aan nanovloeivloeistofchromatografie-massaspektrometrie op 'n Thermo Scientific hoë-resolusie massaspektrometer. Die proteome is geskei deur gebruik te maak van 'n 90-minute gradiënt op 'n gelaaide oppervlak baster (CSH) kolom (Figuur 20 A) voordat hoë-resolusie spektra verkry is vir proteïen identifikasie (Figuur 20 B en C) en kwantifisering (Figuur 20 B en C) . Dit is gedoen deur die eksperimentele spektra wat verkry is (Figuur 20 C) te pas by teoretiese spektra deur 'n kombinasie van sagteware te gebruik. Die sagteware wat gebruik is, was Thermo Scientific Proteome Discoverer en Scaffold Q+ van Proteome Software. Die teoretiese reekse is verkry uit 'n voorheen gepubliseerde mens-COVID-19-databasis.
Die studie het bevind dat benewens die verwagte proteïene soos fibrinogeen, baie antikoagulasie-geassosieerde proteïene en inflammatoriese merkers ook vasgevang is. Die verandering in proteïen uitdrukking kan gevisualiseer word deur gebruik te maak van 'n vulkaan plot, soos voorgestel in Figuur 21. Die vou verandering word uitgebeeld op die x-as in Log2 skaal en die vertroue (p-waarde) op die y-as in -Log10 skaal. Die toename in alfa-2-antiplasmien kan verklaar waarom lang COVID-geassosieerde klonte nie afgebreek word nie, aangesien hierdie proteïen een van die sentrale komponente in die fibrinolitiese pad is. Daarbenewens kan die ontdekking van 'vasgevang' inflammatoriese merkers ook verklaar waarom simptomatiese individue serologiese toetse binne normale parameters ontvang - die merkers waarvoor getoets word, is vasgevang in die klonte. Verder het 'n vergelyking tussen akute COVID-19-pasiënte en lang COVID-pasiënte 'n verandering in proteïenuitdrukking getoon namate die toestand van COVID-19 na lang COVID gevorder het. Daar was 'n merkbare toename in fibrinogeenkettings, serum amiloïed A1 en 4 sowel as von Willebrand faktor, wat dui op verhoogde bloedplaatjie aktivering.
Die volledige artikel met ondersteunende inligting kan gevind word in Cardiovascular Diabetology (https://cardiab.biomedcentral.com/articles/ 10.1186/s12933-021-01359-7). Hierdie werk het gelei tot 'n opvolgstudie.
Sien figure waarna verwys word in die Jaarverslag
