Die Universiteit Stellenbosch Botaniese Tuin werk saam met verskillende departemente van die Universiteit Stellenbosch asook met ander botaniese tuine binne en buite Suid-Afrika. Die Tuin is ook lid van Botanic Gardens Conservation International (BGCI).
Organisasies wat saamwerk met die Botaniese Tuin sluit die Suid-Afrikaanse Nasionale Biodiversiteit-Instituut (SANBI), Chanticleer Garden en Boland Bonsai Kai in. Ons vervoerbehoeftes word goedgunstig ondersteun deur Westvaal Stellenbosch.