ʼn Nuwe seminaarreeks wat ʼn wye verskeidenheid van onderwerpe oor epidemies en genomika dek, is in die eerste week van Februarie 2022 op die Tygerberg-kampus bekend gestel.
Prof Tulio de Oliveira, wêreldbekende bio-informatikus wat by die ontdekking van die Beta-variant van Sars-CoV-2 in Suid-Afrika betrokke was en aan die hoof is van Seri (ʼn US-gebaseerde konsortium wat op epidemie-reaksie en -innovering fokus en later vanjaar van stapel gestuur sal word), het die eerste seminaar aangebied.
Hierdie reeks is ʼn gesamentlike inisiatief van die Fakulteit Geneeskunde en Gesondheidswetenskappe (FGGW), die Fakulteit Natuurwetenskappe, die Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke en Seri. Dit het ten doel om samewerking tussen die US se verskillende departemente aan te moedig en om jong navorsers aan hoëvlakwetenskap bloot te stel.
De Oliveira was ook een van die sleutel-rolspelers in die skep van die Netwerk vir Genomiese Oorsig in Suid-Afrika (NGO-SA), wat sedert Maart 2020 veranderinge in Sars-CoV-2, die virus wat Covid-19 veroorsaak, monitor. Dit bestaan uit ʼn netwerk van honderde wetenskaplikes, universiteite, laboratoriums, die Nasionale Gesondheidslaboratoriumdiens (NHLS), die Nasionale Instituut vir Oordraagbare Siektes (Nios), Seri en KRISP (die KwaZulu-Natalse Navorsingsinnovering- en Volgordebepalingplatform). Die netwerk word gesteun deur die Departement van Wetenskap en Innovasie en die SA Mediese Navorsingsraad.
In sy aanbieding, “Samewerking in SA lei wêreld in die ontdekking en karakterisering van Sars-CoV-2-variante", het De Oliveira beskryf hoe hierdie noue samewerking dit moontlik gemaak het om die Omicron-variant binne drie deurslaggewende dae in November 2021 te identifiseer en te klassifiseer. Hy het ook uitgewei oor die lesse oor toekomstige variante wat die Suid-Afrikaanse ervaring aan die res van die wêreld bied.
De Oliveira het vertel hoe wetenskaplikes gedink het Suid-Afrika was “heeltemal buite gevaar" in die eindfases van die Delta-golf, toe daar ook ʼn toename in inentings was. “Maar alles het baie vinnig verander."
“Daar was net ʼn paar honderd infeksies per dag. Maar op 23 November 2021 het die data van ʼn groepie van agt monsters uit Gauteng ʼn klomp mutasies getoon wat veel meer was as dié van bekende variante. Die getal infeksies het ook dramaties toegeneem.
“Die NGO-SA het onmiddellik aan die werk gespring. Ons het laboratoriums in Johannesburg gekontak en het binne ses ure honderde monsters ontvang. Danksy vinnige genoom-volgordebepaling deur ons laboratoriums, het ons binne 24 uur geweet die infeksies was almal te wyte aan dieselfde nuwe variant en dat dit wydverspreid voorgekom het.
“Dr Nicholas Crisp, waarnemende direkteur-generaal van die Departement van Gesondheid, het ons 36 uur gegee om te bevestig dat ons ʼn nuwe variant gevind het en ons het vir die vale gewerk. Teen 24 November het ons sowat 100 genoom-volgordebepalings gehad wat getoon het die variant versprei baie vinnig."
Die NGO-SA het toe die bevindings aan die Minister van Gesondheid, Dr Joe Phaahla, en die Minister van Wetenskap en Innovasie, Dr Blade Nzimande, voorgelê en “hulle het die gevolge onmiddellik begryp".
“Hulle het ons gehelp om pres. Cyril Ramaphosa te kontak en op 25 November het ons ʼn mediakonferensie saam met Phaahla aangebied. Op 26 November het ons dringend met die Wêreldgesondheidsorganisasie vergader, wat die nuwe variant as kommerwekkend geïdentifiseer en dit Omicron genoem het.
De Oliveira het die tydperk waarin hulle die eerste monsters ontvang het totdat die nuwe variant geïdentifiseer en geklassifiseer is, as “drie baie, baie besige dae" beskryf.
Hy het benadruk dat Suid-Afrika danksy uitmuntende samewerking tussen wetenskaplikes en voortreflike kommunikasie met die regering en openbare gesondheid daarin geslaag het om die vierde golf redelik goed te bestuur. “Ons het ʼn baie doeltreffende stelsel waaruit die res van die wêreld kan leer."
Prof Nico Gey van Pittius, die FGGW se Visedekaan: Navorsing, het opgemerk dat “werk saam of sterf" een van die wetenskap se mantras is. “Hierdie pandemie het vir ons gewys hoe vinnig iets wat plaaslik voorkom, baie vinnig kan versprei. Julle het vir ons gewys dat samewerking die sleutel is om krisisse soos hierdie te takel en dat dit uiters belangrik is om seker te maak ons neem samewerking in ons instelling, in die land, op die kontinent en in die res van die wêreld baie ernstig op," het hy afgesluit.
*Die tweeweeklikse seminare sal by die Tygerberg-kampus en by die Stellenbosch-instituut vir Gevorderde Studie (Stias) in Stellenbosch aangebied word.
Onderskrif: Prof Tulio de Oliveira
