Die Universiteit Stellenbosch se Fakulteit Natuurwetenskappe het die instansie se eerste MSc-graadstudent in die nuwe vakgebied van Bioinformatika en Berekeningsbiologie opgelewer.
Heléne Fouché sal haar graad, wat sy cum laude verwerf het, tydens die US se virtuele gradeplegtigheide op 1 April 2021 ontvang, tesame met nog 34 MSc- en 21 PhD-graduandi. Sy het haar MSc-tesis onder die leiding van Prof Hugh Patterton voltooi. Hy is sedert 2017 direkteur van die nuutgestigde Sentrum vir Bioinformatika en Berekeningsbiologie by die US.
Weens die groeiende belangstelling in dié vakgebied, bied die US nou 'n voorgraadse stroom in Bioinformatika and Berekeningsbiologie aan. Studente kan ook op nagraadse vlak in dié rigting spesialiseer: van 'n BScHons tot 'n MSc en PhD-graad in Bioinformatika en Berekeningsbiologie.
Sy sê haar belangstelling in Bioinformatika het gedurende een van haar derdejaar modules in Biochemie begin, toe Prof Patterton 'n submodule oor bioinformatika aangebied het: “Ek het dit baie geniet en wou graag meer blootstelling aan die vakgebied verkry. Op daardie stadium het daar nog nie 'n MSc of BScHons in Bioinformatika bestaan nie. Ek het met die Departement van Genetika en Prof Patterton gereël dat ek die projekkomponent van my honneursgraad in Bioinformatika kan voltooi."
Teen die einde van haar Honneursgraad was die Sentrum vir Bioinformatika and Berekeningsbiologie gevestig, en het Prof Patterton haar uitgenooi om 'n MSc in Bioinformatika aan te pak.
Vir haar navorsingsprojek, het Heléne 'n bioinformatika sagteware program ontwikkel om grootskalse genoom evolusie te bestudeer: “Kortliks, identifiseer die program al die verskillende maniere waarop een genoom in 'n ander kon verander tydens die evolusionêre prosses, via die herrangskikking van groot gedeeltes van die genoom," verduidelik sy.
Volgens Prof Patterton is daar tans 'n verskeidenheid programme beskikbaar om klein, alleenstaande mutasies van nukleotiedes te ondersoek, maar'n gebrek aan doeltreffende programme wat na grootskaalse, veranderinge in genome kyk: “Me. Fouché het die probleem aangepak deur verskillende metodes te ondersoek om twee evolusionêr-verwante genome met mekaar te vergelyk. Sodoende kon sy die strukturele veranderinge wat tot die evolusionêre afstand tussen die twee genome gelei het, identifiseer."
Sy het 'n Python-program geskryf om die metode te implimenteer, en het toe die bruikbaarheid en kragtigheid van die metode gedemonstreer deur die genetiese patrone wat met die ontwikkeling van moderne gis stamme vanuit antieke stamme gepaardgegaan het, te analiseer. Die sagteware program is vrylik beskikbaar, en is gebruikersvriendelik (veral vir genetici en evolusionêre bioloë).
Heléne sê die moeilikste deel van die navorsingsproses was om in te spring, en die nodige tyd opsy te sit om soveel as moontlik van die vakgebied te wete te kom: “Ek het verseker die programmeringskomponent van die projek die meeste geniet, spesifiek die logika en probleemoplossing wat daarmee gepaard gaan."
Wat is haar raad vir voorgraadse studente wat in bioinformatika belangstel, maar nie oor enige koderingservaring beskik nie? “Moenie dat dit jou afskrik nie. Programmering is 'n vaardigheid wat jy maklik kan ontwikkel solank jy die nodige wilskrag en deursettings vermoë het.
“Die vakgebied van bioinformatika is besig om vinnig te ontwikkel en daar is 'n groot aanvraag vir individue met die nodige kwalifikasies. Jy sal nie 'n fout maak as jy hierdie rigting kies nie," sluit sy af.
Heléne, 'n oud-leerder van Helmekaar Kollege in Johannesburg, werk nou as 'n junior sagteware ingenieur, maar beplan om binnekort terug te keer vir haar doktorsgraad.
Kontakbesonderhede
Heléne Fouche – helenexfouche@gmail.com
Prof Hugh Patterton – hpatterton@sun.ac.za.
