Universiteit Stellenbosch
Welkom by Universiteit Stellenbosch
Gedetailleerde analise van SARS-CoV-2 deur Afrika-wetenskaplikes in Science gepubliseer
Outeur: Corporate Communication and Marketing / Korporatiewe Kommunikasie en Bemarking
Gepubliseer: 09/09/2021

Wetenskaplikes​ en openbare gesondheidsamptenare in Afrika werk saam om genomika-opleiding en -fasiliteite uit te brei sodat die vasteland robuus op die wêreldwye pandemie kan reageer. As Afrika agtergelaat word, kan dit in 'n teelaarde vir nuwe COVID-variante ontwikkel.

Science het vandag (9 September 2021) 'n uitvoerige ontleding van SARS-CoV-2-variante waaraan honderde Afrikawetenskaplikes en openbare gesondheidsamptenare oor die hele vasteland gewerk het, gepubliseer. Dít is die eerste groot bydrae deur Afrika se topwetenskaplikes om die vasteland se vermoë om genomiese data te skep en te ontleed, uit te brei.

Genomiese waarneming is noodsaaklik om SARS-CoV-2-variante te identifiseer en die wêreldwye openbare gesondheidsreaksie te rig. Toe die pandemie begin het, is Afrika ongelukkig gou agtergelaat. Weens sy brose gesondheids- en wetenskaplike infrastruktuur, swak koopkrag, en ontwikkelde lande se snelle opgaring van diagnostika en reagense, was Afrika kort voor lank die vasteland met die minste inentings ter wêreld. Die streek het toegang gekort tot die nodige tegnologie om die pandemie te bestry.

Om hierdie gaping te help oorbrug, het 112 Afrika- en 25 internasionale organisasies, in noue samewerking met die Afrikasentrums vir Siektebeheer en -voorkoming (“Africa CDC") en die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO), kragte saamgesnoer en 'n uitvoerige ontleding van SARS-CoV-2-variante en -stamme in Afrika onderneem. Die omvattende Science-manuskrip beskryf die genomiese waarneming van SARS-CoV-2 in 33 Afrikalande en twee oorsese gebiede.

Dit toon dat die epidemies in die meeste lande weens verspreiding vanuit hoofsaaklik Europa ontstaan het, wat afgeneem het kort nadat internasionale reis die eerste keer verbied is. Namate die pandemie gevorder het, het voortgesette verspreiding in baie lande én toenemende mobiliteit egter aanleiding gegee tot die verskyning en Afrikawye oordrag van heelwat kommerwekkende en belangrike variante, waaronder B.1.351 (Beta), B.1.525 (Eta), A.23.1 en C.1.1/C.1.2.

Ondanks beperkte steekproewe, het die Afrikawetenskaplikes baie van dié variante geïdentifiseer wat tans wêreldwyd versprei. Die uitvoerige tipering van die variante en hulle impak op entstofgeïnduseerde immuniteit is uiters belangrik. Indien die pandemie nie in Afrika beheer word nie, kan entstofomseilingsvariante hulle verskyning begin maak, wat 'n ernstige uitwerking op die Afrika- én wêreldbevolking kan hê. Die bevindinge in hierdie belangrike publikasie beklemtoon dat Afrika nie in die internasionale pandemiereaksie agtergelaat moet word nie, anders kan dit in 'n teelaarde vir nuwe COVID-variante ontaard.

“Ons is ten sterkste daartoe verbind om die mees gevorderde tegnologieë in Afrika te gebruik om die virus na te spoor en te bestry. As die virus aanhou ontwikkel op die Afrikavasteland, sal dit uiteindelik 'n wêreldwye probleem word. Dit is ons morele plig om Afrika en die wêreld te probeer beskerm," sê prof Tulio de Oliveira, 'n professor in bio-informatika wat aanstellings beklee aan die Universiteit Stellenbosch (US) se Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke, die US se Fakulteit Geneeskunde en Gesondheidswetenskappe en die Fakulteit Natuurwetenskappe en ook direkteur is van KRISP (KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) aan die Universiteit van KwaZulu-Natal. “Hierdie samewerking was besonder bevredigend. Ons het nie net ons Afrikadata onderling bespreek en ontleed nie, maar die projek het ook algehele kennisuitruiling behels. Alle ontledingsresultate is onder mekaar bekend gemaak en honderde ure is aan vermoëbou op die gebied van ontleding en dataskepping gewy sodat genomika gedesentraliseer en intyds in Afrika uitgevoer kan word."

“Die versterking van genomiese waarnemingstelsels oor die hele vasteland is deurslaggewend vir die vroeë opsporing en beheer van siekte-uitbrekings," sê dr John Nkengasong, direkteur van die Africa CDC. “Ons Instituut vir Patogeengenomika ondersteun lidstate reeds sedert die aanvang van die COVID-19-pandemie om hulle genomiese SARS-CoV-2-waarneming uit te brei om variante vroegtydig te kan opspoor. Die Instituut is besonder trots op hierdie samewerking en sal voortgaan om vennootskappe tussen openbare gesondheids-, akademiese en navorsingsinstellings te koördineer om patogeengenomika- en bio-inligtingsvermoë in Afrika te versterk."

Afrika het sedert die aanvang van hierdie samewerking sy genomiese waarnemingsvermoë aansienlik uitgebou, en die GISAID-databasis bevat tans 40 000 Afrikagenome. Die uitbreiding van genomiese reeksbepaling is 'n uitdaging wat die vasteland die hoof bied met die bystand van finansiers, die Afrika-unie/Africa CDC en die WGO, in noue samewerking met die Ministeries van Gesondheid, openbare gesondheidsinstellings en die wetenskaplike gemeenskap wat hierdie pan-Afrika-ontleding onderneem het.

“As ons mutasies en variante ignoreer, doen ons dit op eie risiko. Die Deltavariant is 'n wekroep. Dit onderstreep die belang van genomiese inligting, sowel as die dringende behoefte daaraan om Afrikawetenskaplikes met die nodige hulpbronne toe te rus om die evolusie van COVID-19 te ontleed," sê dr Matshidiso Moeti, WGO-streeksdirekteur vir Afrika. “Sonder hierdie ontleding kan variante ongemerk oor die vasteland en die wêreld versprei. Dít sal die akute fase van die COVID-19-pandemie verleng, nie net in Afrika nie, maar oor die hele wêreld." 

  • Die ooptoegangmanuskrip is op die Science-webtuiste te kry:

Wilkinson et al. A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa, Science, doi/10.1126/science.abj4336, 2021.

https://science.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.abj4336