​
Die volgende institute, sentra en fasiliteite val onder die vaandel van departemente binne die Fakulteit Natuurwetenskappe:

• Afrika Instituut vir Wiskundige Wetenskappe (AIMS)
  Kontak prof Barry Green
  Tel: +27 21 787 9320
  E-pos bwg@aims.ac.za

• Buro vir Industriële Wiskunde aan die Universiteit Stellenbosch
  Kontak dr Milton Maritz
  Tel: +27 21 808 4228
  E-pos mfmaritz@sun.ac.za

• Dierefasiliteit

• DWT-NNS Sentrum van Uitnemendheid vir Indringerbiologie (SIB)
  Kontak prof Dave Richardson
  Tel: +27 21 808 3711
  E-pos cib@sun.ac.za

• Fakulteitswerkswinkel

• Instituut vir Lasernavorsing
  Kontak prof Heinrich Schwoerer
  Tel: +27 21 808 3375
  E-pos heso@sun.ac.za

• Instituut vir Teoretiese Fisika
  Kontak prof Kristian Müller-Nedebock
  Tel: +27 21 808 3386
  E-pos kkmn@sun.ac.za

• Instituut vir Toegepaste Rekenaarwetenskap
  Kontak prof Willem Visser
  Tel: +27 21 808 4232
  E-pos visserw@sun.ac.za

• NARGA rekenaargebruiksentrum
  Kontak Me Ilse de Kock
  Tel +27 21 808 2682
  E-pos idk@sun.ac.za

• Nasionale Instituut vir Teoretiese Fisika (NITheP)
  Kontak prof Frederik Scholtz
  Tel: +27 21 808 3871
  E-pos fgs@sun.ac.za

• Sentrale Analitiese Fasiliteit (SAF)
  Kontak prof Gary Stevens
  Tel: +27 21 808 3127
  E-pos gs@sun.ac.za

• Sentrum vir Eksperimentele Wiskunde  
  Kontak prof Helmut Prodinger
  Tel: +27 21 808 3273
  E-pos hproding@sun.ac.za

• Sentrum vir Kompleksiteitstudies
  Kontak prof Jan-Hendrik Hofmeyr
  Tel: +27 21 808 2704
  E-pos jhsh@sun.ac.za

• Sentrum vir Menslike Prestasiewetenskappe 
  Kontak prof Liz Bressan
  Tel: +27 21 808 4862
  E-pos esb@sun.ac.za

• Suid-Afrikaanse Sentrum vir Epidemiologiese Modellering en Analise (SACEMA)
  Kontak prof Alex Welte
  Tel: +27 21 808 2589
  E-pos alexwelte@sun.ac.za

• Telkom-Siemens Sentrum van Uitnemendheid in OTM en Breëbandnetwerke en hul toepassings 
  Kontak prof Anthony Krzesinski
  Tel: +27 21 808 4310
  E-pos aek1@sun.ac.za

• Universiteit Stellenbosch Waterinstituut
  Kontak prof Pieter Swart
  Tel: +27 21 808 5865
  E-pos pswart@sun.ac.za