Die Departement Mikrobiologie het sterk navorsingsgerigte aanslag. Agt van die akademiese personeellede het NRF-gradering (tans een A, vier B's en drie C's). Die volgende breë navorsingstemas word tans nagestreef.
Oorsig van navorsingsgroepe:
Bioprosessering van landbouprodukte, bioprospektering vir ensieme, ensiem ingenieurswese en bioinformatika; genetiese manipulasie van giste vir die omskakeling van plantmateriaal na bio-etanol, ''nutraceuticals'' en produksie van ensieme in gis en swamme
Ontwikkeling van probiotiese melksuurbakterieë vir mens en dier, taksonomie van melksuurbakterieë, karakterisering van antimikrobiese peptiede (insluitend bakteriosiene) geproduseer deur melksuurbakterieë en hul industriële toepassing; industriële en mediese mikrobiologie
Mikrobiese gemeenskappe van fynbos grond; taksonomie en biologie van grond swamme, binnenshuise luggehalte monitering en swam opsporing. Mikrobiese gemeenskap analise van die SVK van verskillende organismes
Die interaksies tussen gis en hul biologiese, chemiese en fisiese omgewing
Mikrobiese biofilm ekologie, en die toepassing van hierdie kennis in die beheervan mikrobiese aggregate in die ingeneurswese, industriële en kliniese omgewings
Ontwikkeling en toepassing van reënwater opgaar behandelingstelsels; optimalisering en monitering van koste-effektiewe punt-van-gebruik reënwater opgaar behandelingstelsels
