​Die Omicron-variant van SARS-CoV-2 is ʼn jaar gelede die eerste keer in Suid-Afrika en Botswana beskryf, het vinnig oor die wêreld heen versprei en dryf vandag steeds die pandemie. Dit was tot nou toe onduidelik presies hoe, wanneer en waar die Omicron-variant ontstaan het. ʼn Nuwe studie wat vandeesweek in die vaktydskrif Science[1] gepubliseer is, toon dat voorgangers van die Omicron-variant maande voor die identifikasie van die eerste gevalle op die vasteland van Afrika bestaan het. Dié studie deur die Universiteit Stellenbosch (US) en ander Afrika-instellings, asook Charité – Universitätsmedizin Berlin in Duitsland, doen voorts aan die hand dat Omicron geleidelik oor etlike maande in verskillende lande oor Afrika heen kop uitgesteek het.

“Hierdie studie werp lig op die vraag hoekom, waar en hoe die dominante Omicron-variant ontwikkel het," sê dr Tongai Maponga van die US se Afdeling Geneeskundige Virologie. “Die ietwat onverwagse resultate bevorder nie net ons begrip van die nuwe virus nie, maar verskaf waardevolle leiding oor hoe om beter op soortgelyke toekomstige situasies te reageer – en nie te reageer nie."

Sedert die aanvang van die Covid-19-pandemie het die geassosieerde coronavirus (SARS-CoV-2) voortdurend verander. (Dit gebeur deur ʼn natuurlike proses van mutasie wat veranderinge aan die genetiese struktuur van die virus aanbring, gevolg deur natuurlike seleksie, wat tot nuwe variante kan lei). Net in Suid-Afrika het die Netwerk vir Genomiese Oorsig van Suid-Afrika (NGS-SA) nie minder nie as twee kommerwekkende variante (VOC) bespeur: Beta[2] laat in 2021 en Omicron[3] in 2022. Omicron was die variant met die meeste mutasies tot SARS-CoV-2: sy genoom het met meer as 50 mutasies van die oorspronklike virus verskil. Die variant wat later Omicron BA.1 genoem is, is in middel-November 2021 die eerste keer in ʼn pasiënt in Suid-Afrika bespeur en het binne ʼn paar weke na 87 lande versprei. Teen einde Desember 2021 het dit die voorheen dominante Delta-variant wêreldwyd vervang.

Twee hoofteorieë bestaan oor hoe die Omicron-variant kon ontstaan het: die virus is óf van ʼn mens na ʼn dier oorgedra waar dit versprei en geëvolueer het voordat dit weer ʼn mens geïnfekteer het, óf dit het ʼn mens met ʼn verswakte immuunstelsel vir ʼn verlengde tydperk geïnfekteer, waartydens mutasies geakkumuleer het. Sulke langtermyn-infeksies is in Suid-Afrika beskryf[4]. Enige van dié scenario's kan verklaar hoe die virus op so ʼn manier kon evolueer dat dit voorafbestaande immuniteit kan ontwyk (ná infeksie of inenting, of albei) en maklik tussen mense oorgedra kan word.

Hierdie nuwe ontleding van Covid-19-monsters wat in Afrika versamel is voor die eerste bespeuring van Omicron en wat so pas in Science gepubliseer is, wek nou twyfel oor albei hierdie hipoteses, al word hulle nie heeltemal weerlê nie.

ʼn Navorsingspan van die US se Afdeling Geneeskundige Virologie was ʼn vennoot in hierdie ontleding onder leiding van prof Jan Felix Drexler van die Instituut van Virologie by Charité en die Duitse Sentrum vir Infeksienavorsing (DZIF), tesame met etlike ander Afrika-laboratoriums soos die Laboratorium van Virale Hemorragiese Koors (LFHB) in Benin.

ʼn Polimerasekettingreaksie-toets (PKR) is ontwerp om spesifiek die BA.1-stamboom van die Omicron-variant te bespeur. Hierdie toets is gebruik om meer as 13 000 respiratoriese monsters van Covid-19-pasiënte te toets wat tussen middel 2021 en vroeg 2022 in 22 Afrika-lande versamel is.  Belangrik is dat al die monsters getoets is deur navorsers in die lande waar dit versamel is. Hierdie toetse het hulle in staat gestel om te raam wanneer die Omicron-variant verskyn het en hoe vinnig dit versprei het.

Om meer oor die oorsprong van Omicron uit te vind, het die navorsingspan ook die volgordebepaling van die SARS-CoV-2-genoom van 670 van hierdie monsters gedoen. Ontleding van die genoomvolgordedata het virusse met Omicron-spesifieke mutasies gevind in 25 mense van ses verskillende Afrika-lande wat in Augustus en September 2021 Covid gekry het – twee maande voor die variant die eerste keer in Suid-Afrika en Botswana bespeur is. Die span het etlike virusse ontdek wat variërende grade van ooreenkomste met Omicron getoon het, maar hulle was nie identies nie.

Die span kom tot die gevolgtrekking dat dit lyk of Omicron in Afrika geëvolueer het, maar nie noodwendig in die twee lande waar dit die eerste keer ontdek is en wat dit met die res van die wêreld gedeel het nie. Dit ontlok verdere vrae oor die redenasie agter die reisverbod wat teen Suid-Afrika ingestel is, wat ekonomiese verliese en ander probleme veroorsaak het, maar niks gedoen het om die enorme globale verspreiding van Omicron te verhinder nie. Toekomstige uitbrekings sal beter samewerking tussen lande verg en maatreëls moenie die deel van globale data ten bate van die mensdom[5] ontmoedig nie.

Kry hier toegang tot die oorspronklike artikel in Science: https://www.science.org/doi/10.1126/science.add8737

[1] Fischer C et al. Gradual emergence followed by exponential spread of the SARS-CoV-2 Omicron variant in Africa. Science 2022 Des 01. doi: 10.1126/science.add8737

[2] Tegally et al. Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa. Nature, April 2021. doi: 10.1038/s41586-021-03402-9

[3] Viana et al., Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa. Nature, Maart 2022. doi: 10.1038/s41586-022-04411-y

[4] Maponga et al. Persistent SARS-CoV-2 infection with accumulation of mutations in a patient with poorly controlled HIV infection. Clin Infect Dis, Jul 2022. doi: 10.1093/cid/ciac548

[5] Preiser et al. No point in travel bans if countries with poor surveillance are ignored. Lancet, Maart 2022. doi: 10.1016/S0140-6736(22)00363-4