Die wêreldbekende bioinformatikus, prof Tulio de Oliveira, Direkteur van die Sentrum vir Epidemiese Reaksie en Innovasie (SERI) in die Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke aan die Universiteit Stellenbosch (US), het vandeesweek (5 September 2023) sy intreerede gelewer. Die titel van sy lesing was “Twee dekades van uitnemendheid in genomika: Belig gesondheid, bevorder innovasie en kweek transdissiplinêre navorsing in Afrika".
De Oliveira, wat ook 'n professor in bioinformatika by die Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke is, het met die Afdeling Korporatiewe Kommunikasie en Bemarking gesels oor hoe sy werk in genomika ons help om vir toekomstige pandemies te beplan en ook om nuwe, opkomende epidemies te bespeur, veral in Afrika.
Vertel ons meer oor jou navorsing en wat jou belangstelling in hierdie spesifieke veld geprikkel het.
Ek werk in Genomika wat 'n breë navorsingsveld is wat op die struktuur, funksie en ontleding van genome, dit wil sê die volledige stel genetiese materiaal wat in 'n organisme se selle voorkom, fokus. Genomiese volgordebepalingstegnologieë (laboratoriumtegnieke en wetenskaplike prosesse wat gebruik word om die boustene van DNS of RNS te bepaal) help spesialiste en navorsers in openbare gesondheid om die fynere detail van patogene te verstaan sodat hulle gelokaliseerde uitbrekings en die verspreiding van infeksies beter kan monitor en daarop kan reageer. Volgende-generasie-volgordebepaling bied aan navorsers 'n meer doeltreffende, akkurate en koste-doeltreffende manier om genetiese veranderinge na te speur. Verder kan genomika-waarneming met die deurlopende assessering van diagnostiese akkuraatheid help, wat tot meer doeltreffende behandelings kan lei. Genomika het die potensiaal om gesondheidsorg in Afrika te revolusioneer en word al hoe meer gebruik om siektes en epidemies te verstaan, veral dié wat op die vasteland voorkom.
Ek is gebore en getoë in Brasilië, waar ek molekulêre biologie as hoofvak geneem het en ook 'n bietjie wetenskaplike berekeninge gedoen het. Toe my ma, 'n internasionale ontwikkelingskonsultant, in 1997 na Afrika teruggekeer het, het ek saam met haar gekom en uiteindelik 'n graad aan die Universiteit van KwaZulu-Natal (UKZN) behaal. Ek het as 'n intern by UKZN genomiese volgordes van MIV begin produseer. Maar ek het gou besef my laboratoriumvaardighede is nie so watwonders nie. Ek het besluit om eerder my PhD in bioinformatika by UKZN te doen. Bioinformatika is die kuns om rekenaars te gebruik om genomiese volgordedata te ontleed. Nadat ek gegradueer het, het ek by die beste navorsingsgroep oor virusevolusie ter wêreld by die Universiteit van Oxford aangesluit, waar ek geleer het hoe belangrik dit is om virusevolusie na te speur. Ons het genomika gebruik om 'n geval van MIV-1- en hepatitis C-oordrag in 'n Libiese hospitaal op te los, waar vyf mediese dokters verkeerdelik daarvan beskuldig is dat hulle kinders besmet het en tronk toe gestuur is. Ons bevindings het hierdie dokters se lewens gered.
Hoe sou jy die relevansie van jou werk beskryf?
Ons het gedurende die Covid-19-pandemie gesien watter belangrike rol genomiese waarneming in die formulering van wetenskaplike reaksie op siektes, veral in Afrika, kan speel. Genomika is selfs al vóór die pandemie gebruik om op epidemies soos MIV-1 en tuberkulose en arbovirusse soos chikungunya, denguekoors, Zika en geelkoors te reageer.
Ek en my span het vroeg in die pandemie al besef watter belangrike rol genomiese waarneming in die reaksie op SARS-CoV-2 kan speel. Ons het toe 'n baie doeltreffende konsortium in Suid-Afrika, die Netwerk vir Genomiese Waarneming Suid-Afrika (NGS-SA), geskep om genetiese veranderinge te monitor wat patogenisiteit (die vermoë van 'n organisme om siektes te veroorsaak), diagnostiek, terapeutiese middels en entstowwe beïnvloed. Ons was in staat om twee van die vyf SARS-CoV-2-variante wat kommer veroorsaak het en wat in Suid-Afrika in omloop was, te identifiseer.
Ondanks die vinnige ontwikkeling van genomiese volgordebepalingskapasiteit en verhoogde genomiese waarneming gedurende die pandemie, het die wêreldwye reaksie op SARS-CoV-2 lig gewerp op die hindernisse wat die wêreld verhoed om geredelik beskikbare, betroubare en omvattende genomiese data te hê om besluitneming oor openbare gesondheid te ondersteun. Veral die vermoë om die data vinnig vir die uitwerking daarvan op openbare gesondheid te ontleed en te interpreteer, is baie beperk. Ons moet vir toekomstige pandemies beplan deur genomiese waarneming na ander patogene in Afrika uit te brei sodat ons in staat is om nuwe, opkomende epidemies vinnig waar te neem.
Jy het internasionale lof vir jou deurbrake met Covid-19-variante ontvang. Wat was die bevredigendste aspekte hiervan?
Ondanks die verskriklike tol wat Covid-19 geëis het, het wetenskaplikes in Suid-Afrika onverpoos gewerk om van die wetenskap te skep wat die dryfkrag vir die wêreldwye Covid-19-reaksie was. Wetenskaplikes in Afrika het van die belangrikste SARS-CoV-2-variante (beta [B.1.351] en omikron [(B.1.1.529]) geïdentifiseer en 'n suksesvolle proefneming van 'n Covid-19-entstof op bykans 500 000 gesondheidswerkers uitgevoer. Hierdie proefneming het die doeltreffendheid van 'n entstof bewys en het Suid-Afrika se gesondheidswerkers beskerm voordat 'n groot vlaag infeksies die land getref het. Ten spyte van verskeie terugslae het ons teen alle waarskynlikheid in volhard en is ons een van die toonaangewendste lande ten opsigte van SARS-CoV-2-genomikawaarneming.
Ons pogings is deur die Wêreldgesondheidsorganisasie en die Sentrum vir Siektebeheer en voorkoming in Afrika (Africa CDC) erken, terwyl die US se Sentrum vir Epidemiese Reaksie en Innovasie, asook die KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) by UKZN aangewys is as gespesialiseerde genomikageriewe om die uitbreiding van genomiese waarneming in Afrika te ondersteun. Ons baanbrekerswerk het ook plaaslike en internasionale mediadekking gelok en het vir die wêreld gewys dat wetenskaplikes van Afrika belangrike rolspelers in gesondheidsreaksies op epidemies en pandemies kan wees, wêreldwye konsortiums kan lei, groot toelaes en geleenthede kan aanbied, en die wêreldwye wetenskaplike agenda kan lei. Al wat ons nodig het, is ondersteuning, respek en 'n kans om te lei.
Ek moet sê dat as jy verby die erkenning en toekennings kyk, die bevredigendste aspek was dat ons lewens kon red – lewens van mense wat naby ons is, lewens van mense wie se name, gesinne en gemeenskappe ons ken en wat ons in ons harte vertroetel.
Jy spog as 'n wêreldbekende bioinformatikus met verskeie gesogte toekennings. Wat was die dryfkrag vir jou sukses?
Ek het nog altyd 'n gees van aktivisme gehad; die begeerte om die wêreld 'n beter plek te maak en op te staan vir die verdruktes en onderdruktes. Ek dink ek het dit by my ouers geërf. Dit kan miskien ook verklaar waarom ek in 'n vakgebied beland het waar ek my kundigheid kan gebruik om lewens te red.
Wat my ook motiveer, is om die volgende geslag wetenskaplikes in Afrika op te lei en die uitvloei van wetenskaplike kundigheid onder top jong Afrika-talent wat hulle na oorsese instellings wend vir opleiding en waarvandaan baie nie terugkeer nie, om te keer. Ek wil geleenthede aan ontluikende plaaslike wetenskaplikes bied en die res van die wêreld laat regop sit oor Afrika se dinamiese wetenskaplike vermoëns. My droom is om aan die wêreld te bewys dat die Globale Suide – Afrika, Latyns-Amerika en Suidoos-Asië – die beste plek is om nuwe patogene te identifiseer en te beheer. Wetenskaplikes van Afrika kan inderdaad die wêreld help om hulle op die volgende pandemie voor te berei.
Jy is reeds baie jare in die uitdagende hoëronderwysomgewing. Hoe bly jy gemotiveerd wanneer dinge moeilik raak?
Ek word gemotiveer deur die oortuiging dat ons werk 'n positiewe invloed op die wêreld kan hê. Deur daartoe by te dra om aansteeklike siektes wat miljoene mense wêreldwyd raak, beter te verstaan en te beheer, kan ons menslike lyding verminder.
Vertel ons iets opwindends oor jou lewe wat mense nie sou verwag nie.
Ek was as tiener 'n ywerige skaatsplankryer en my eerste werk was om ná skool in 'n skaatsplankwinkel te werk. O, en ek is gek oor my hare.
Wat doen jy in jou vrye tyd?
Ek geniet dit om tyd in die natuur deur te bring, veral om ver ente saam met my pragtige vrou te gaan stap. Ek geniet dit ook om fiets te ry en dinge in die buitelug saam met my kinders te doen. Ek lees ook baie en een van my gunstelingboeke is Let my people go surfing deur Yvon Choiunard. Nog iets waarvan ek baie hou, is om Formule 1 en sokker op TV te kyk. En my gunstelingfliek is The Godfather.
